从1999年开始，软件水平考试由以程序设计为主的原计算机软件水平考试调整为五个专业，即：程序设计、软件工程、数据库技术、计算机网络技术和多媒体技术。
在考试级别的设计上，程序设计专业参照国家技术职称标准中技术员、助理工程师、工程师的水平标准设立初级程序员、程序员、高级程序员三个级别，其余四个专业参考助理工程师、工程师、高级工程师的水平标准，设立初级、中级、高级三个级别的考试。
调整后的软件水平考试将按照各考试专业知识结构的特点划分模块，由相关的知识点组成独立的考试试卷，即考试模块，并由二到三个内容相关的考试模块组成每一专业、每一级别的完整的考试。每个模块之间既相互联系，又相互独立，考生只要在连续两年的时间内通过某一专业、某一级别所有模块的考试，即可获得相应的证书。如：软件工程专业中级包括三个模块的考试，即模块一：算法和数据结构，模块二：软件工程方法，模块三：C++与面向对象的程序设计。调整后的软件水平考试对报考人员的档案信息实行滚动式管理，考生参加考试时，可以一次报考这三个模块的考试，也可以分两年报考。只要在连续两年的时间内通过这三个模块的考试即可以获得中国计算机软件水平考试软件工程专业的中级水平证书。